Влагалищный микробиом может хранить гены устойчивости к антибиотикам

Ученые изучили почти 2 000 образцов влагалищного микробиома беременных женщин и обнаружили клинически значимые гены устойчивости к антибиотикам в 56% случаев. Их распространенность зависела от состава бактериального сообщества. Однако исследование показывает только связи и не позволяет делать выводы о выборе лечения.

Что искали ученые

Антибиотики широко применяются в перинатальной медицине, но распространение устойчивости к противомикробным препаратам может снижать их эффективность. При этом влагалищный микробиом как возможный резервуар генов устойчивости пока изучен недостаточно.

Совокупность таких генов называют резистомом. Чтобы описать его во время беременности, авторы проанализировали 1 957 влагалищных мазков, полученных у 1 547 женщин в трех родильных стационарах Франции. Образцы собирали в третьем триместре, а для 399 участниц были доступны парные материалы - при включении в исследование и во время родов. Медианный возраст женщин составлял 33 года.

Участниц разделили на четыре клинические группы:

1. Роды в срок без указанных осложнений - 480 женщин и 611 образцов.
2. Преждевременный разрыв плодных оболочек при доношенной беременности - 331 женщина и 368 образцов.
3. Преждевременные роды - 356 женщин и 491 образец.
4. Преждевременный разрыв плодных оболочек при недоношенной беременности, или PPROM, - 380 женщин и 487 образцов.

Исследователи использовали полногеномное метагеномное секвенирование. Обнаруженные гены устойчивости к антибиотикам сопоставляли с базой ResFinder, включавшей 3 124 эталонных гена, а затем проверяли по базе CARD.

Состав микробиома имел значение

Влагалищные бактериальные сообщества принято делить на несколько типов в зависимости от преобладающих микроорганизмов. Более чем в половине исследованных образцов доминировали лактобактерии.

Чаще всего ведущими видами были Lactobacillus crispatus - 33% образцов, Lactobacillus iners - 21% и Gardnerella vaginalis - 10%. Наибольшую устойчивость состава микробиома во времени показали сообщества с преобладанием L. crispatus. В целом стабильность заметно различалась в зависимости от доминирующего вида.

Как это связано с генами антибиотикорезистентности? В сообществах типа CST I, где преобладала L. crispatus, 75% образцов не содержали выявленных генов устойчивости. В анаэробных сообществах CST IV таких образцов было 25,7%, а при доминировании L. iners, то есть в CST III, - лишь 10,8%.

Всего клинически значимые гены устойчивости нашли в 1 097 из 1 957 образцов. Среди положительных образцов 57-60% их относительного количества приходилось на устойчивость к антибиотикам группы макролидов, линкозамидов и стрептограминов. Еще 23-27% составляли гены устойчивости к тетрациклинам. Наибольшим генетическим разнообразием отличалась устойчивость к бета-лактамным антибиотикам - исследователи выявили 68 уникальных генов.

Самыми распространенными генами оказались lsa(C), tet(M) и erm(B). Анализ восстановленных бактериальных геномов подтвердил различия между видами: tet(M) присутствовал в 58,2% геномов L. iners, а erm(B) - в 22,3%. У L. crispatus, L. gasseri и L. jensenii эти гены встречались редко либо отсутствовали.

Какие различия обнаружили при осложнениях беременности

Состав микробиома и резистома различался между клиническими группами. При преждевременных родах сообщества CST III встречались в 31,7% случаев против 24,4% в контрольной группе. При PPROM доля анаэробного типа CST IV достигала 30,0% против 18,8% в контроле.

Среди ARG-положительных образцов при PPROM исследователи также обнаружили более широкий предполагаемый спектр устойчивости. При этом сама частота выявления генов устойчивости не увеличивалась. Такой профиль сочетался с большей представленностью условно-патогенных энтеробактерий, особенно Escherichia coli, а также генов устойчивости к бета-лактамам, сульфаниламидам и тетрациклинам.

Антибиотики часто применялись среди участниц исследования, особенно в группе PPROM. Авторы подчеркивают, что выявленные связи носят предварительный характер. Анализ не устанавливает, появились ли особенности резистома до приема препаратов и могли ли антибиотики повлиять на отбор устойчивых бактерий.

Что означают результаты

Крупный метагеномный анализ показал связь между составом влагалищного микробиома во время беременности и набором генов антибиотикорезистентности. Сообщества с преобладанием L. crispatus были ассоциированы с меньшим количеством приобретенных генов устойчивости и мобильных генетических элементов. При доминировании L. iners или анаэробных бактерий их разнообразие было выше.

Оценка спектра устойчивости основывалась на предсказанных свойствах генов, а не на лабораторном измерении чувствительности бактерий к препаратам. Поэтому использовать этот показатель для выбора лечения пока нельзя. Анализ также мог не охватить все механизмы устойчивости, поскольку авторы сосредоточились на хорошо изученных приобретенных генах.

Следующие исследования должны уточнить, как прием антибиотиков во время беременности влияет на влагалищный резистом и могут ли гены устойчивости передаваться от матери новорожденному.

Источник: News-Medical.Net